La gondola, nel corso dei secoli, ha subito trasformazioni e modifiche sia nella forma sia nelle finiture. Sicuramente la gondola non era così come appare oggi, infatti, inizialmente, non era molto diversa dagli altri tipi d’imbarcazioni a fondo piatto che circolavano in laguna. Le linee erano poco slanciate, con le estremità sollevate dall'acqua e munite di un finimento di ferro. Dai pochi accenni incontrati nei documenti, si presume che tra l'XI e il XIII secolo, la gondola avesse dimensioni variabili e già provvista di un piccolo 'felçe', posto a metà imbarcazione, per proteggere dal sole e dalle intemperie i passeggeri.
In alcuni dipinti risalenti al XV secolo e attribuiti al Bellini, al Carpaccio e al Mansueti, appare un tipo di corta imbarcazione dal fondo piatto, con le fiancate rialzate e con rozzi chiodi di ferro a protezione delle estremità. Questi ferri ricurvi sono simili in tutti i dipinti, ciò che differisce è la forma del 'felçe': ora più grande, ora più piccolo, ora ricoperto di panno colorato, ora con fiori e frasche. La gondola appare nera in tutte le rappresentazioni sebbene sia visibile, al di sotto della linea di galleggiamento, uno scafo bianco.
Lo storico Marin Sanudo, vissuto in quel periodo, attesta che il prezzo di una gondola si aggirava intorno ai 15 ducati, una cifra decisamente modesta.
Nel XVI secolo, una smania di lusso assale i nobili veneziani che cominciarono a farsi costruire delle gondole sempre più sfarzose: le prore erano dorate, ricche d’intagli e mascheroni; i felze, resi più rigidi, erano rivestiti di seta o di raso colorati e i loro supporti apparivano dorati, intagliati e intarsiati con rimessi d’ebano e d’avorio; i ferri, specialmente quelli di prua, erano lavorati in mille modi ed arricchiti con borchie dorate, piramidi e fiori. I 'Provveditori alle Pompe', cioè i magistrati preposti alla moderazione del lusso dei veneziani, in seguito a questa sorta di gara tra ricchi, emanarono una serie di provvedimenti atti a colpire il lusso sfrenato diffusosi nelle varie parti della gondola.
In un manoscritto dal titolo 'Arte de far Vesélli', di Prè Theodoro de Nicolò, capomastro all'Arsenale, sono riportate le misure e lo schema di una gondola di 28 piedi. Considerando tali misure si può notare come la gondola del '500 fosse più corta e più larga dell'attuale; in seguito, questa imbarcazione, considerata l'antenata di quella attuale, ebbe un doppio sviluppo: da un lato si evolse slanciando la poppa e aumentando la misura del rostro di prua, originando così, la gondola moderna; dall'altro lato rimase inalterata nel tempo mantenendo le sue caratteristiche e fu, per questo, chiamata 'barkéta' o 'mèza gondola'.
Un'ulteriore e importante modifica alla gondola avvenne dopo la caduta dello stato veneziano, avvenuta nel 1797, in quanto, per ragioni economiche, il numero dei rematori si ridusse da due a uno e, alfine di aumentarne la maneggevolezza, furono allungate le estremità e fu ridotta la superficie dello scafo a contatto con l'acqua.
Solo alla fine del XIX secolo apparve la gondola nella sua veste definitiva: aumentò la deviazione delle linee che vanno da prua a poppa, così come la lunghezza delle estremità con conseguente riduzione del pescaggio.